五个月之后，秦孝公去世，太子即位。公子虔一班人告发商君要造反，派人去逮捕商君。商君逃跑到边境关口，想住旅店。旅店的主人不知道他就是商君，说：“商君有令，住店的人没有证件店主要连带判罪。”商君长长地叹息说：“唉呀!制定新法的遗害竟然到了这样的地步!”离开秦国潜逃到魏。魏国人怨恨他欺骗公子昂而打败魏军，拒绝收留他。商君打算到别的国家。魏国人说：“商君，是秦国的逃犯，秦国强大逃犯跑到魏国来，不送还，不行。”于是把商君送回秦国。商君再回到秦国后，就潜逃到他的封地商邑，和他的部属发动邑中的士兵，向北攻击郑国谋求生路，秦国出兵攻打商君，把他杀死在郑国黾池。秦惠王把商君五马分尸示众，说：“不要像商鞅那样谋反!”于是就诛灭了商君全家。

太史公说：商君，他的天性就是个残忍少恩的人，考察他当初用帝王之道游说孝公，凭借着虚饰浮说，不是他自身的资质。再说凭靠着国君宠臣太监的推荐，等到被任用，就刑罚公子虔，欺骗魏将公子昂，不听赵良的规劝，足以证明商君残忍少恩了。我曾经读过商君开塞耕战的书籍，其内容和他本身的作为相类似。但最终还是在秦国落得个谋反的恶名，这是有缘故的呀!